Stoodia Fish

Stoodia Fish - программная среда для организации и проведения исследований поведения рыб. Она объединяет подготовку эксперимента, получение видео, трекинг, проверку траекторий, поведенческий анализ и сравнение экспериментальных групп в одном рабочем процессе.
Исследователь может импортировать существующие видеозаписи или записывать видео непосредственно с одной или нескольких камер. Для каждого аквариума настраиваются область трекинга, зоны анализа и физический масштаб. Программа сохраняет исходные видеозаписи локально и связывает их с группами, условиями эксперимента и результатами обработки.

Встроенный детектор SFD-2R1 находит рыбу в кадре, после чего система формирует временную траекторию её движения. Для каждой траектории сохраняются сведения о модели, параметрах обработки, вычислительной среде и границах применимости. Пользователь может просмотреть результат вместе с видео, оценить пропуски и ложные срабатывания, скорректировать проблемные интервалы и зафиксировать решение о качестве данных.

На основе проверенных траекторий Stoodia Fish рассчитывает показатели движения и пространственного поведения, включая пройденное расстояние, скорость, ускорение, угловое движение, использование зон и временные характеристики активности. Behavior Lab позволяет исследовать события, состояния, переходы и тонкие временные паттерны, а не ограничиваться средними значениями за всю запись.

Для сравнения экспериментальных групп доступны таблицы, распределения, доверительные интервалы, показатели размера эффекта и статистические тесты. Анализ можно ограничивать выбранными временными интервалами. Результаты экспортируются вместе с параметрами расчёта и происхождением данных, что облегчает их проверку и дальнейшее использование в статистических пакетах и научных отчётах.
Stoodia Fish поддерживает:
- проекты с несколькими экспериментальными группами;
- импорт видео и запись с нескольких камер;
- локальный трекинг на CPU или GPU;
- пакетную обработку всех видео проекта;
- удалённые вычислительные узлы внутри лаборатории;
- облачную очередь трекинга при подключении к Stoodia;
- контроль качества и ручную проверку траекторий;
- калибровку расстояний и физических единиц;
- анализ временных интервалов и поведенческих событий;
- сравнение когорт и визуализацию статистических результатов;
- экспорт траекторий, показателей и сопроводительных данных;
- интерфейс на русском, английском, испанском, португальском, французском, немецком и китайском языках.

Основной сценарий детектора SFD-2R1 проверен для видео с одной рыбой в кадре. Новые условия съёмки, другие виды рыб и эксперименты с несколькими пересекающимися особями требуют дополнительной визуальной проверки и собственной контрольной выборки. Stoodia Fish предоставляет инструменты для такой проверки, но не заменяет научное решение исследователя.